El sindicalista Silvio Piris denunció a Lafuente luego de que la Contraloría General de la República (CGR) detectara irregularidades en el MEC por más G. 1 billón. Se trata de irregularidades por obras inconclusas, falta de títulos de propiedad y kits escolares no entregados durante la gestión de Marta Lafuente, entre el 2014 y 2015.
La Contraloría General de la República destaca que durante la gestión de Lafuente no se lograron los títulos de propiedad, en valor de más de G. 325.834 millones.