Entre los aspectos que se cuestionan se menciona que son entidades absolutamente diferentes en la forma de operar.
En el proyecto sí se mencionan las atribuciones y potestades, pero responsabilidades y sanciones por mal desempeño no están previstas. También se argumenta que las gerencias tienen plenas potestades dentro de ambas instituciones de recaudación.
Señalan que la unificación podría volver vulnerable a la institución de actividades dolosas, ilegales y criminales. Igualmente, se menciona que la propuesta no tiene en cuenta las normas vigentes del Gafilat contra el lavado de dinero, el narco-tráfico y los giros ilegales al terrorismo.
Además, se critica que con la fusión se tendría unos 2.300 funcionarios cuando se pretende convertir a la Dirección en un ente tecnológico.