Sin embargo, la Contraloría General de la República presentó una denuncia ante el Ministerio Público, por supuesta lesión de confianza, por más de G. 388 millones.
El ente contralor realizó una auditoría en el citado municipio y como resultado de dicho trabajo se pudo constatar las irregularidades, cuya investigación debe ser profundizada por la Fiscalía.
De acuerdo al informe final de la Contraloría, son varias las irregularidades encontradas en la gestión de Chávez. Una de ellas es el hecho que solamente en un año (2016) realizó adjudicaciones directas por más de mil millones, sin siquiera notificar a la Dirección Nacional de Contrataciones Públicas, quebrantando la ley de esta manera.
Otra irregularidad detectada en la Municipalidad de Independencia es la falta de documentos de respaldo en el pago de salarios a jornaleros.
El equipo auditor informó que no contaban con las planillas de especificaciones de los días trabajados, como tampoco los registros de asistencia, y que la resolución de pago y orden de pago estaban sin firma del intendente. Situación similar se registró con los honorarios profesionales (asesores). En un caso realizaron el pago por la suma de G.60 millones, pero no existen los documentos.
Asimismo se detectó que la administración municipal no cuenta con documentos e informes detallados sobre la utilización de combustibles y lubricantes, donde el proveedor es su propio tío y ex intendente José Eligio Chávez.
El jefe comunal realizó también transferencias a distintas comisiones de iglesias, comisiones vecinales, de instituciones educativas, en un solo año, por más de G. 300 millones.
Tampoco existe respaldo documental del dinero utilizado de los fondos de royalties, según la denuncia.