Walter Bower había sido denunciado durante el gobierno de Luis González Macchi. Tras casi 20 años, fue declarado inocente, en un decisión dividida del Tribunal de Sentencia que juzgó el caso.
Los comisarios Alfredo Cáceres y Jorge López fueron quienes señalaron al ex ministro del Interior, en mayo del 2000. Ambos fueron torturados luego de un intento de golpe de Estado, según la investigación de la Fiscalía.
Por el mismo caso también se encontraban procesados los agentes Merardo Palacios Melgarejo y Osvaldo Javier Vera Espínola, absueltos al igual que Bower.
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Al momento de elevar la causa a juicio oral, el juez Gustavo Amarilla había señalado que se dio un trabajo “desordenado” y de “bastantes negligencias” por parte del Ministerio Público.
Una copia autenticada del cuaderno de novedades de la Armada, que era considerada prueba clave para armar el caso, fue extraviada por la Fiscalía.
La misma servía para demostrar que Walter Bower estuvo en el lugar y momento en que se produjo la tortura contra los comisarios.
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El ex secretario de Estado en todo momento se declaró inocente y en más de una oportunidad había señalado ser víctima de una persecución política.