El inicio de la historia. Nace en Asunción, un 27 de agosto de 1904, el niño registrado como José Agustín, hijo de Magdalena Flores, en la Chacarita. A partir de los siete u ocho años, trabaja como vendedor de diarios y lustrabotas para ayudar a la madre.
A los 12 años, ingresa a la Banda de Policía, a las órdenes del director, el italiano Nicolino Pellegrini. Allí integra una banda lisa y comienza sus estudios de teoría y solfeo, adelantándose muy pronto a sus compañeritos. Luego, integra la banda como bombardino y tiempo después como trombonista titular.
A la vez que cumple funciones en la Banda de Policía, actuando en retretas en plazas públicas y otras presentaciones, comienza su inquietud sobre la música nativa, ya que esta no era incluida en los programas de la agrupación musical.
Estudia violín en el Instituto Paraguayo y continúa investigando sobre la música popular existente en la época, que halla muy abandonada. Luego de un proceso de observación de la vida y costumbres de la gente a nivel popular, a la vez que busca la escritura correcta de la música tradicional, como polcas y galopas, se encamina a un nuevo tipo de ritmo.
Así toma una conocida polca Maerapa reikuaase (Para qué quieres saber) y la desarrolla en un ritmo más lento y melodioso. Esta página la ensaya con la Banda de Policía, logrando una positiva reacción de sus directivos y sus compañeros de la agrupación. Emprende decididamente la elaboración de una obra propia, en ritmo de 6 por 8, con giros melódicos y una cadencia atractiva, y crea la obra Jejuí, en 1925, que es estrenada en el Hotel Cosmos, actual Asunción Palace Hotel.
Surgimiento. Luego de un tiempo, compone la primera guarania con versos de Rigoberto Fontao Meza, que va a llamar Arribeño resay (Lágrimas de un arribeño), la que es recibida por el público con enorme receptividad. Pronto aparecen Ñasaindýpe, letra de Félix Fernández; Ka’aty (Yerbal), e India, con letras de Fontao Meza.
Hasta que en 1928 conoce a Manuel Ortiz Guerrero, destacado poeta, con quien comienza una nueva y calificada etapa de producción dando a luz entre ambos piezas emblemáticas como India, con nueva letra; Kerasy, Panambi vera, Buenos Aires, Salud, Paraguaýpe y Ne rendápe aju. Hasta que la muerte del poeta, en 1933, interrumpe ese ciclo y Flores parte a Buenos Aires a buscar nuevos horizontes para su música.
En la capital porteña crea la célebre Orquesta Ortiz Guerrero, con la que actúa con gran éxito de público en teatros y radios y grabando discos para el sello Odeón. El nuevo ritmo logra triunfar en Buenos Aires, sede de muchos artistas paraguayos, quienes interpretan las canciones de ese genuino estilo nativo paraguayo.
Momento cumbre. En la década de 1960, sus obras populares trascienden las fronteras latinoamericanas y llegan a Europa, conquistando a diversos públicos por la calidad de sus melodías.
Aquejado del mal de Chagas, José Asunción Flores fallece en su exilio de Buenos Aires, el 16 de mayo de 1972, a los 68 años de edad.
Hay que destacar la gran labor de difusión de sus obras populares y sinfónicas por parte de las principales orquestas del país, como la Orquesta Sinfónica de la Ciudad de Asunción, la Sinfónica Nacional, la Orquesta de UniNorte y la Sinfónica del Congreso, la Orquesta de Cámara Municipal. Todo con miras al reconocimiento como Patrimonio Cultural Inmaterial de la Humanidad por la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (Unesco).
