La primera consecuencia del Marzo Paraguayo (asesinato del vicepresidente de la República, Luis María Argaña y la muerte de 7 jóvenes en la plaza) fue la renuncia del presidente Raúl Cubas Grau y su aislamiento en el Brasil. Entonces, la transición hacia la democracia cambió de rumbo.
La primera acción de Cubas, cuando asumió el gobierno el 15 de agosto de 1998, fue dictar un decreto que liberó a Oviedo de la cárcel. Esto produjo la reacción de la Corte Suprema y del Congreso Nacional.
El oviedismo manejó el Gobierno con cierta normalidad. Cubas gozaba de alta legitimidad y controlaba los votos en el Congreso a su favor, pero a los 6 meses de su administración la tensión entre los poderes del Estado subía, hasta que el lunes 23 de marzo de 1999, Argaña fue acribillado sobre la calle Diagonal Molas casi Venezuela de la capital, y allí cambió la historia.
Pronto el Congreso preparó el juicio político. Cubas, cuando se dio cuenta que los votos para el juicio político en su contra eran posibles, presentó su renuncia y consiguió asilo en Brasil. Lino Oviedo se fugó a la Argentina, pero antes hubo manifestación y muerte en la plaza, frente al Congreso.
LA MANIFESTACIÓN. El 27 de marzo de 1999 el Senado se preparaba para destituir a Cubas. Al final de la tarde, jóvenes, obreros y campesinos se manifestaban frente al Congreso y exigían la destitución de Cubas. Algunos francotiradores que se encontraban en los edificios aledaños al Congreso dispararon contra la gente.
Las fuerzas policiales hicieron lo propio y en los ataques murieron siete jóvenes y hubo un centenar de heridos.
El 28 de marzo de 1999, antes de la decisión del Senado, Cubas renunció a la presidencia del Paraguay y al día siguiente partió al Brasil en el avión de la Fuerza Aérea Brasileña.
Entonces, el presidente del Congreso Nacional, Luis González Macchi, asume la Presidencia de la República. De esta manera, la revuelta política de 1999 tumbó al oviedismo del gobierno.
La colaboración de Brasil, Argentina y Estados Unidos en esta etapa del conflicto fue clave. Los diplomáticos de estos países pusieron sus esfuerzos para que en Paraguay volviera la normalidad institucional
Brasil envió su avión, con fuerzas de seguridad propia, para llevar a Cubas que previamente ya se refugiaba en la sede diplomática del país vecino en Asunción.
Otras consecuencias del Marzo Paraguayo fueron la integración de un gobierno de unidad nacional, con la ANR, PLRA y el PEN y la integración del primer Poder Ejecutivo bicolor (ANR-PLRA), al ser derrotado la ANR en las elecciones vicepresidenciales en el 2000.