A pesar del mal clima, unas 400.000 personas recibieron al Sumo Pontífice, Juan Pablo II, en el campo de Ñu Guasu, donde ofició la primera misa. Luego visitó al presidente de la República, Alfredo Stroesner, en el Palacio de Gobierno donde formuló fuertes críticas, en defensa de los obispos y cristianos paraguayos perseguidos:
El 17 de mayo de 1988, el Papa llegó hasta la Misión Santa Teresita, en Mariscal Estigarribia, Chaco paraguayo, a 524 kilómetros de la capital, Asunción, para un histórico encuentro con los pueblos originarios de la región. Desde un simbólico altar construido con troncos de Karanday, reivindicó los derechos ancestrales y la dignidad de los indígenas, que eran perseguidos y reprimidos por la dictadura stronista.
En aquella ocasión, ante una multitudinaria concurrencia de indígenas de las regiones Oriental y Occidental del país, como también de pueblos originarios de otros países vecinos, resonaron las palabras del líder Maskoy René Ramírez, denunciando las penurias, atropellos y el despojo de sus territorios, provocando la ira de los políticos de turno.
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“Conozco los graves problemas que os afectan; en particular lo que se refiere a tenencia de tierras y títulos de propiedad. Por ello apelo al sentido de justicia y humanidad de todos los responsables para que se favorezca a los más desposeídos”, le dijo el Papa.
Uno de los actos más polémicos fue el que mantuvo con los sectores sociales y que el Gobierno intentó prohibir. La visita de Juan Pablo II produjo ásperos roces entre la jerarquía eclesiástica y las autoridades de la dictadura stronista. Pese a todo, la presencia del Sumo Pontífice dejó en el Paraguay huellas imborrables. Pocos meses después llegó la democracia.
La visita del Sumo Pontífice al Paraguay es uno de los momentos históricos que recordó Última Hora en su revista especial del 8 de octubre por su aniversario 45.