Con relación al 2024, la UNA se mantiene en la misma posición, tanto a nivel global como regional, en el ranking mundial de universidades QS 2025.
En el ranking mundial se encuentra entre el rango de 1001-1200, mientras que en la categoría América Latina y el Caribe, en la posición 131, con una puntuación general de 37.5 en cuanto a investigación y descubrimiento, experiencia de aprendizaje, compromiso global y empleabilidad.
En 2019 se encontraba en el puesto mundial 801-1000. A nivel regional, estaba dentro de las 133 mejores universidades latinoamericanas en 2022 y en los últimos escaló al 131.
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También se encuentran en posiciones más abajo del ranking otras universidades paraguayas. Entre ellas, en el rango 201-250 la Universidad Católica de Asunción; en 251-300 la Universidad Nacional de Itapúa, en 351-400 la Universidad Autónoma de Asunción y en 401 la Universidad Nacional de Pilar.
Estas últimas no cuentan con un puntaje general por parte del ranking mundial de universidades QS 2025.
Asimismo, la UNA ingresó por primera vez el año pasado al top 100 del prestigioso ranking de universidades de América Latina elaborado por el Times Higher Education (THE), situándose en el puesto 82 y que incluye a 197 instituciones de educación superior de 15 países de Latinoamérica y el Caribe.