En diciembre del 2013 se reveló que Hugo Portillo, entonces gerente de Banco Amambay, participó en operativos de búsqueda a prófugos del Ejército del Pueblo Paraguayo, como asesor ad honorem del Gobierno en procedimientos de la Senad.
En junio del 2014, agentes especiales de Pedro Juan Caballero balearon la camioneta de Aníbal Ramón Frutos Zaracho (21) porque pensaban que hacía parte de una estructura criminal. El vehículo recibió 9 impactos de bala, el joven fue golpeado y luego los agentes se percataron que no tenía ni armas ni drogas ni antecedentes.
Por otro lado, la Pastoral Social de Concepción denunció que en un operativo de la Fuerza de Tarea Conjunta, que tuvo participación de agentes de la Senad, los hermanos Hermenegildo y Marcos Ovelar fueron ejecutados y se plantaron pruebas.
Por una explosión dentro de un móvil de la Senad, en Cuero Fresco, Concepción, murieron el capitán Enrique Daniel Piñánez y el suboficial José Manuel González, ambos de la FTC. El general retirado Herminio Piñánez, padre de uno de los fallecidos, denunció posteriormente que se trató de un acto de terrorismo de Estado. Antes de morir, su hijo había denunciado ante sus superiores irregularidades dentro de la FTC.
