Cuando asumió como ministro de Educación Nicanor Duarte Frutos en 1998, Lafuente fue nombrada como directora general de Desarrollo Educativo, donde elaboró varios proyectos y trabajó incluso como coordinadora del proyecto Reforma Educativa de la Educación Media.
Años más tarde, en el 2003 asumió como viceministra de Educación y Cultura, cargo que ocupó por cinco años hasta el 2008, siendo la principal asesora de la ministra educativa Blanca Ovelar.
Desde el MEC afirman que entre Lafuente y Ovelar además hay un vínculo de amistad de larga data, considerando que trabajaron juntas durante largo tiempo, aunque Lafuente no tiene aparentemente afiliación político partidaria.
Técnica. Autoridades del MEC también destacan la labor técnica de Marta Lafuente para ocupar el más alto cargo dentro de la institución. Indican además que tuvo un buen desempeño dentro del programa de la Reforma Educativa en la era de Nicanor Duarte Frutos.
Los sindicatos de docentes y directores tienen posturas diversas sobre su desempeño en la entidad estatal. Mientras la Federación de Educadores del Paraguay (FEP) lamenta su nombramiento como ministra, porque cuestionan la Reforma Educativa, el presidente del Sindicato de directores (Sinadi) dice que su conocimiento en el funcionamiento del MEC puede ser vital.
