Los asesores en materia castrense recomiendan al mandatario electo tres acciones puntuales para evitar cualquier tipo de descontento a nivel interno y respetar la jerarquía institucional. Las principales conversaciones se están dando a través del vicepresidente electo, Juan Afara.
El primero de ellos es mantener la cúpula durante el breve periodo hasta lograr la estabilidad necesaria del primer tramo de mandato.
Cuando Lugo ganó, recién en noviembre de 2008, decidió destituir al entonces comandante general Bernardino Soto Estigarribia, hoy candidato a ocupar el Ministerio de Defensa. Luego se preparó para realizar los primeros cambios.
De decidirse para los cambios en la cúpula, se baraja el nombre del almirante Pablo Osorio, actual comandante de la Armada, para comandante de las Fuerzas Militares en reemplazo del general Miguel Ángel Christ El mismo pertenece a la promoción 1980, y fue puesto en el actual cargo por el presidente saliente Federico Franco.
En este caso, los nombramientos se harán en base a la jerarquía y la capacidad de las distintas promociones.
En este caso, para comandante del Ejército se maneja el nombre del general Pedro Báez, actual jefe de Estado Mayor de Fuerzas Militares. El mismo es de la promoción del año 1981. Para la Fuerza Aérea se maneja mantener al general Luis Noceda.
Como comandante de la Armada se baraja el nombre del vicealmirante Silvio Guanes, actual jefe de Estado Mayor de la Armada.
otra Alternativa. El otro camino que se maneja a nivel de la cúpula militar es que Cartes decida cambiar totalmente a la cúpula actual y promocionar al general Pedro Báez como comandante de las Fuerzas Militares.
En este caso, serán jerarquizados en puestos claves los oficiales de la promoción 1982. Entre ellos, el Gral. Óscar Cuenca como comandante del Ejército. Actualmente es director de Estrategia y Política del Ministerio de Defensa.
Para comandante de la Fuerza Aérea se maneja el nombre del general Arturo Valdez, actual jefe de Estado Mayor de dicha arma.
Finalmente, para la Armada está el nombre del contraalmirante Antonio Vallejos, actual comandante de la Flota de Guerra.
Modernización. Quedan varias materias pendientes, como la modificación de las leyes militares, la compra de equipamientos y aviones, así como adaptar las fuerzas a los desafíos que debe enfrentar ante los delitos transnacionales. El proyecto de fortalecimiento de la institución castrense plantea la adquisición de 10 aviones de combate de última generación. El proyecto sugiere la adquisición de aviones checos L-159B ALCA y los rusos Iakovlev Yak 130. Además, se contempla la compra de cohetes antitanques, granadas para cañones, radares, lanchas, vehículos tácticos y fusiles.
Para llevar adelante se requiere nada menos de 568 millones de dólares americanos, a través de un endeudamiento público a un plazo de 10 años.