La normativa establece la creación de un consejo nacional anticorrupción que debe estar integrado por los tres poderes del Estado, además de la Contraloría y el Gabinete Civil. Entre sus artículos señala que es el jefe de gabinete el que debe ocupar un espacio en este organismo; sin embargo, Santiago Peña anunció que no tiene ningún reemplazo para Lea Giménez tras su renuncia.
La segunda contradicción es que el proyecto indica que este consejo anticorrupción también debe estar integrado por el representante del Senado y el de Diputados; sin embargo, al principio de este periodo, el Ejecutivo tuvo una confrontación con el ahora presidente del Congreso, Basilio Bachi Núñez, precisamente por un caso de corrupción, que fue la ocupación ilegal de tierras en Los Jardines de Remansito. El senador presentó un proyecto para blanquear a estos pobladores de altos recursos que construyeron sobre tierras públicas, pertenecientes al Ministerio de Defensa.
El presidente se vio obligado a vetar la ley y ordenó al procurador Marco Aurelio González a iniciar una investigación y recuperar el territorio ocupado.
El proyecto de prevención de la corrupción suprime a la Secretaría Nacional Anticorrupción (Senac) y otorga a la Contraloría la centralidad del control y denuncia.