La playa de Areguá, la playa de Ypacaraí, las playas Rotonda y Muelle San Blas de San Bernardino presentan un alto índice de contaminación con coliformes fecales y no son aptas para uso recreativo.
Las aguas del lago no presentan un crecimiento masivo de cianobacterias, pero las condiciones climáticas de altas temperaturas y radiación solar, sumadas a las presencias de nutrientes en el agua del lago, pueden propiciar la aparición de floraciones de cianobacterias, según el más reciente informe de la Dirección General de Salud Ambiental (Digesa), dependiente del Ministerio de Salud.
En lo que respecta a la práctica de deportes acuáticos, estos pueden incrementar el riesgo a experimentar posibles problemas de salud por el contacto indirecto con las aguas del lago.
La problemática del lago Ypacaraí y su cuenca requiere insistir fundamentalmente en la protección y recuperación de los humedales.
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Además, es vital el tratamiento de los líquidos cloacales e industriales, insistiendo en la regulación de las fuentes aportantes, principalmente de coliformes, fósforo y nitrógeno.
Igualmente, es clave el control y manejo adecuado de los residuos sólidos urbanos e industriales, entre otros factores.
El informe fue remitido al Ministerio del Ambiente y Desarrollo Sostenible (Mades), para la intervención correspondiente de los posibles puntos de contaminación.
Las fuentes que contaminan el lago Ypacaraí provienen en un 70% de las cloacas sanitarias, un 20% son generadas por las actividades agroganaderas, 10% a causa de industrias y por los residuos urbanos.