Quiñónez es egresada de la Facultad de Derecho de la Universidad Nacional de Asunción (UNA), donde se recibió con un promedio de 3,47. Inició su carrera en 1994 como asistente fiscal, hasta el año 2000, desde ese entonces ejerció como agente fiscal penal.
Con más de 17 años de experiencia, formó parte de la Fiscalía Antisecuestros, donde tuvo a su cargo los casos de secuestro más emblemáticos del país. El primero de ellos fue el de María Edith Bordón de Debernardi, en el año 2001.
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La fiscala también encabezó aquel operativo que conmocionó al país, la tarde que se encontró el cadáver de Cecilia Cubas, en la llamada “casa del horror”, en Ñemby. La hija del ex presidente Raúl Cubas fue secuestrada en 2004.
Posteriormente, Quiñónez llevó los casos de los plagios de Luis Lindstron y de Fidel Zavala, en el 2008 y 2009 respectivamente.
En el 2015, fue designada a investigar el doble crimen del periodista Pablo Medina y su asistente Antonia Almada, ocurrido en Canindeyú.
Sandra Quiñónez también tuvo a su cargo la investigación del caso del argentino Íbar Pérez Corradi, quien fue apresado en Paraguay y procesado por expedición de documentos falsos en el 2016.
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En septiembre del año pasado formó parte de la terna promovida por el Consejo de la Magistratura, junto con el ahora ex fiscal general Javier Díaz Verón y la fiscala Victoria Acuña, de la cual fue elegida por el presidente Horacio Cartes.
Tras varias postergaciones y luego del receso parlamentario, el Senado resolvió este jueves aprobar el acuerdo del Poder Ejecutivo y tomar el juramento de Quiñónez como fiscala general del Estado
“No voy a perdonar un acto de corrupción. Ahí me van a conocer. Paraguay necesita un Ministerio Público fuerte. Prometo no defraudarles. Gracias por esta confianza. Acá le tienen a esta compatriota que no tiene colores, ni rojo, ni azul, ni verde, prometo no defraudarles”, fueron sus primeras declaraciones.